به گزارش اعتدال ، شیخ جعفر شجونی در گفت و گویی با روزنامه اعتماد  گفت:

اصولگرایان شکست خوردند و نوش جان‌شان. آنچه رخ داد، خیلی معلوم شد که آقایان یک بار ائتلاف پنج نفره داشتند که به آن عمل کردند و ابوترابی‌فرد را پذیرفتند. اما ائتلاف سه نفره [ائتلاف ۱+۲ که بین حدادعادل، قالیباف و ولایتی بود] طول کشید و زیاد از اندازه هم طول کشید. آنها قرار بود که یکی‌یکی کنار بروند تا آرای اصولگرایان خرد و پخش نشود. اما فقط یک نفر اینها که همان آقای حدادعادل باشد انصراف داد. اینها باید کار خودشان را با تعهدی که به روحانیت داده بودند انجام می‌دادند. این کارشان باعث شد که آرای اصولگرایان خرد شود.
 
عده زیادی از اصولگرایان به آقای روحانی رای دادند. با اینکه آنها [حامیان روحانی در انتخابات] با یکدیگر منسجم شدند و اصلاح‌طلبان و دیگران دست به دست هم دادند و از آقای روحانی حمایت کردند. البته عده‌یی از مردم علاقه‌مند شدند که عمدتا به یک فرد روحانی رای بدهند، پس نمی‌شود گفت آنهایی که به این چند نفر رای دادند اصولگرا بودند و آنهایی که به آقای روحانی رای ندادند، اصولگرا نبودند.
 
وی در پاسخ به اینکه آیا اصولگرایان به کسی رای دادند که مورد حمایت سید محمد خاتمی و آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی بوده است؟ گفت:  نه. این حمایت هاشمی و خاتمی زیاد رنگ و بو نداشت.
 
{در واکنش به اینکه روحانی در سخنان انتخاباتی خود خیلی به حمایت هاشمی و خاتمی استناد و اتکا می‌کرد} ایشان در عین حال که رییس‌جمهور شده اما اشتباه هم فرموده است. برای همین وقتی ما در جامعه می‌رویم می‌بینیم که هاشمی رد صلاحیت شده و آقای خاتمی را هم در روزنامه‌ها دارید می‌بینید که در دوران کارش چه کارهایی کرده است استنباط من این است که مردم می‌خواستند به روحانیت رای بدهند. خود آقای روحانی هم گفته بود که من عضو جامعه روحانیت هستم.
 
مقام معظم رهبری واقعا یک مدیریت بسیار عالی کرد و مثلا فرمودند که این رای حق‌الناس است و بعضی ایرانی‌های خارج از کشور هم گفتند خب حالا که حق‌الناس است، رای دهیم تا ببینیم آرای ما مثلا چطور می‌شود. یا اینکه ایشان فرمودند شما اگر با جمهوری اسلامی مشکل داری اما باز هم ایرانی هستی و ایرانی باید راه بیفتد و برود رای بدهد. در دنیا خیلی‌ها بودند که به این دو جمله مقام معظم رهبری توجه کردند. حالا این مدیریت رهبری شگفت‌انگیز بود تا جایی که این خارجی‌ها بعد از اینکه سال‌ها اسم دموکراسی را آوردند و گفتند که انتخابات ایران واقعا دموکراسی بود.
 
متاسفیم از عملکرد دوره دوم آقای احمدی‌نژاد که با حاشیه‌سازی‌های دور و بری‌های خود، خدمات چهار سال اولش را هم با امتیازهای منفی زیر سوال برد و حالا ما به آقای احمدی‌نژاد می‌گوییم دست شما درد نکند و ان‌شاءالله موفق باشید،خداحافظ و التماس دعا. برای رییس‌جمهور جدید هم آرزو می‌کنیم آنچه را که گفته عمل کند تا جامعه روحانیت ضربه نخورد.